SEMINARI: Aplicacions de la seqüenciació genòmica a baixa cobertura en estudis de sistemàtica molecular i evolució de plantes
Cicle of seminars IBB
Ponents: Joan Pere Pascual & Daniel Vitales (Institut Botànic de Barcelona)
Date: Friday, Desembre 13th 2019, 12:00 hours
Venue: IBB’s Sala Salvador
Les tecnologies de seqüenciació genòmica d’alt rendiment (HTS, de l’anglès High Throughput Sequencing) han suposat una revolució en tota mena d’estudis de la biodiversitat, des de l’ecologia a la biologia evolutiva. Actualment, la gran majoria de dades de seqüenciació de l’ADN s’obtenen mitjançant la tecnologia Illumina, però les aproximacions per a la selecció de les regions genòmiques que ens interessen són molt diverses. De totes les metodologies disponibles, una de les més senzilles i al mateix temps més útils per als estudis de filogènia i evolució de plantes segurament és la seqüenciació a baixa cobertura (anomenada també genome skimming, en anglès). Aquesta estratègia permet obtenir fàcilment seqüències de qualitat de les fraccions més abundants del genoma, és a dir: plastomes, ADN mitocondrial, ADN ribosòmic i altres regions repetitives del genoma. En aquest seminari, compartirem l’experiència del nostre grup de recerca en l’obtenció d’aquest tipus de dades genòmiques i la seva utilització en estudis d’evolució de plantes. Comentarem els procediments d’anàlisi més habituals utilitzats per a aconseguir les seqüències completes de l’ADN cloroplàstic i l’ADN ribosòmic, o la caracterització dels altres elements repetitius del genoma. Per últim, farem un repàs d’alguns dels resultats que hem obtingut mitjançant l’anàlisi d’aquest tipus d’informació genòmica, així com altres aplicacions potencials i algunes limitacions que cal tenir en compte durant la seva utilització.
