Bases de dades

 
GSAD: GENOME SIZE IN ASTERACEAE DATABASE
  • Autors: Investigadors del Grup de Recerca EtnoBioFic, integrat per experts del Laboratori de Botànica de la Facultat de Farmàcia i Ciències de l’Alimentació de la UB (unitat associada al CSIC), l’Institut Botànic de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB) i la Universitat de París Sud (França).
  • Contingut: El GSAD és un catàleg exhaustiu de dades sobre la mida del genoma de la família Asteraceae. Recull informació per a 1.555 espècies, basades en 4.350 registres provinents de 198 articles publicats fins juliol del 2018. La darrera actualització (v.3) representa al voltant d’un 40% d’augment d’entrades respecte l’anterior. Hi ha 337 noves espècies (21,67%) i 46 nous gèneres (19,83%). El principal objectiu de GSAD és donar accés a la informació sobre la mida del genoma de les asteràcies a científics interessats en la caracterització i evolució del genoma d’aquestes espècies, tant des d’un enfocament bàsic (sistemàtica molecular de plantes, programes de seqüenciació NGS, biologia evolutiva del desenvolupament, etc.), com aplicat (DNA barcoding, cultius, ajuda en la identificació d’espècies o materials vegetals, etc.).
  • Referències:
  • Garnatje, T., Canela, M. A., Garcia, S., Hidalgo, O., Pellicer, J., Sánchez-Jiménez, I., Siljak-Yakovlev, S., Vitales, D. & Vallès, J. 2011. GSAD: A genome size in the Asteraceae database. Cytometry Part A 79: 401–404. Digital.CSIC
  • Garcia, S., Leitch, I., Anadon-Rosell, A., Canela, M., Gálvez, F., Garnatje, T., Gras, A., Hidalgo, O., Jhonston, E., Mas de Xaxars, G., Pellicer, J., Siljak-Yakovlev, S., Vallès, J., Vitales, D. & Bennett, M. 2013. Recent updates and developments to plant genome size databases. Nucleic Acids Research 42(D1): D1159–D1166. Digital.CSIC
  • Vitales, D., Fernández, P., Garnatje, T. & Garcia, S. 2019. Progress in the study of genome size evolution in Asteraceae: analysis of the last update. Database 2019: baz098. Digital.CSIC
PLANT rDNA DATABASE
  • Autors: Investigadors de l’Institut Botànic de Barcelona (IBB) i l’Institut de Biofísica de l’Acadèmia de Ciències de la República Txeca.
  • Contingut: La base de dades Plant rDNA és un recurs en línia que proporciona informació sobre el nombre i la posició dels senyals d’ADN ribosòmic, així com de les seves estructures en 2.148 espècies de plantes (a partir de 3.783 registres). Les dades han estat extretes de 785 publicacions sobre citogenètica molecular utilitzant sobretot la hibridació in situ fluorescent (FISH) dels gens de l’ARN ribosòmic 5S i 18S – 5.8S – 26S. En els casos en què s’ha trobat, també s’inclou informació com el nivell de ploidia, el nombre de cromosomes, la mida del genoma i el cicle vital. Addicionalment, des de la tercera actualització també s’hi incorpora informació sobre la seqüència telomèrica.
  • Referències:
  • Garcia, S., Garnatje, T. & Kovařík, A. 2012. Plant rDNA database: ribosomal DNA loci information goes online. Chromosoma 121(4): 389–394. Digital.CSIC
  • Garcia, S., Galvez, F., Gras, A., Kova ik, A. & Garnatje, T. 2014. Plant rDNA database: update and new features. Database 2014: bau063. Digital.CSIC
  • Garcia, S., Kovařík, A., Leitch, A. & Garnatje, T. 2017. Cytogenetic features of rRNA genes across land plants: analysis of the Plant rDNA database. The Plant Journal 89(5): 1020–1030. Digital.CSIC
  • Vitales, D., D’Ambrosio, U., Gálvez, F., Kovařík, A. & Garcia, S. 2017. Third release of the plant rDNA database with updated content and information on telomere composition and sequenced plant genomes. Plant Systematics And Evolution 303(8): 1115–1121. Digital.CSIC
ANIMAL RDNA DATABASE
  • Autors: Investigadors de l’Institut de Biofísica de l’Acadèmia de Ciències de la República Txeca i de l’Institut Botànic de Barcelona (IBB).
  • Contingut: Els loci d’ADN ribosòmic que codifiquen els gens d’ARN ribosòmics (rDNA) són una part important dels genomes, variant tant en nombre com en posició. Poden ser característics d’una espècie o d’un gènere i es poden utilitzar amb finalitats sistemàtiques i comparatives. Per tal de facilitar l’accés a aquesta informació, hem creat la base de dades d’ADN ribosòmic d’animals. El recurs inclou dades de 1.343 espècies d’animals distribuïdes en 264 famílies. Proporciona informació sobre el nombre, la posició i l’estructura dels loci d’ADN ribosòmic. A més, ofereix dades sobre el nivell de ploidia, el nombre de cromosomes o la mida del genoma. És paral·lela a la Plant rDNA database, que proporciona la mateixa informació per a les plantes.
  • Referències:
  • Sochorová, J., Garcia, S., Gálvez, F., Symonová, R. & Kovařík, A. 2017. Evolutionary trends in animal ribosomal DNA loci: introduction to a new online database. Chromosoma 127(1): 141–150. Digital.CSIC
B-CHROM DATABASE
  • Autors: Investigadors de l’Institut Botànic de Barcelona (IBB) i l’Institut de Biofísica de l’Acadèmia de Ciències de la República Txeca.
  • Contingut: Els cromosomes B (B) són constituents addicionals i no essencials dels cariotips. Els seus trets més significatius són que poden estar presents en alguns però no en tots els individus de la població i no aconsegueixen recombinar-se amb els cromosoma A durant la meiosi. Aprofitant els potents motors de cerca online, hem construït un nou recurs que abasta àmpliament informació sobre cromosomes B en plantes, animals i fongs. Aquest catàleg complet i actualitzat d’espècies que presenten B contribueix al coneixement d’aquests elements del genoma, permetent l’anàlisi de la seva distribució a l’arbre de la vida i la seva relació amb la mida del genoma, el nombre de cromosomes i el nivell de ploidia, entre d’altres. Actualment la base de dades inclou 5.755 entrades, provinents de dades de 3.070 articles i corresponents a 2.828 espècies.
  • Referències:
  • D’Ambrosio, U., Alonso-Lifante, M., Barros, K., Kovařík, A., Mas de Xaxars, G. & Garcia, S. 2017. B-chrom: a database on B-chromosomes of plants, animals and fungi. New Phytologist 216(3): 635–642. Digital.CSIC
SEX-CHROM DATABASE
  • Autors: Investigadors de l’Institut Botànic de Barcelona (IBB) i l’Institut de Biofísica de l’Acadèmia de Ciències de la República Txeca.
  • Contingut: La majoria de plantes són hermafrodites i ben poques espècies tenen els sexes separats, ja sigui en flors diferents del mateix individu (monoècia) o en flors diferents en individus diferents (dioècia), entre d’altres opcions intermèdies. D’entre les espècies dioiques, algunes tenen control mediambiental de la determinació del sexe, d’altres tenen un control genètic, però sense cromosomes sexuals diferenciats citològicament, i una minoria tenen cromosomes sexuals. Per contra, la majoria d’animals tenen els sexes separats i cromosomes heteromorfs. Com que els cromosomes sexuals de les plantes són evolutivament més recents que els dels animals, l’estudi de les plantes amb cromosomes sexuals en ajuda a entendre l’evolució d’aquests. El recurs online Sex-chrom és una base de dades sobre cromosomes sexuals de plantes que proporciona informació fàcilment accessible. No només inclou informació general sobre els cromosomes sexuals, morfologia i tipus, sinó que també conté informació específica sobre elements genètics presents en aquests cromosomes que contribueixen a la determinació del sexe i l’evolució d’aquest fenomen.  Les dades extretes de 431 articles publicats entre 1919 i 2020 inclouen 178 espècies de 84 gèneres i 65 famílies.
  • Referències:
  • Baránková, S., Pascual‐Díaz, J., Sultana, N., Alonso‐Lifante, M., Balant, M., Barros, K., D’Ambrosio, U., Malinská, H., Peska, V., Pérez, I., Kovařík, A., Vyskot, B., Janoušeket, B. & Garcia, S. 2020. Sex‐chrom, a database on plant sex chromosomes. New Phytologist. Disponible aquí