Site Loader

Els assemblatges genòmics reflecteixen sempre la mida del genoma?

Amb l’arribada de les noves tecnologies de seqüenciació d’alt rendiment, s’ha produït un creixement significatiu del nombre de recursos genètics a l’abast de la comunitat científica. Amb aquests avenços, els investigadors ens veiem en la necessitat d’escollir entre les estratègies disponibles a l’hora d’analitzar les dades que es generen. Seleccionar, doncs, entre el ventall d’aplicacions bioinformàtiques disponibles planteja nous reptes.

Aquestes tècniques ens permeten dur a terme estudis de genòmica comparada cada cop més ambiciosos, necessaris per a poder entendre en detall l’evolució molecular dels organismes. Un dels factors principals a tenir en compte a l’hora de plantejar un projecte de seqüenciació és la mida del genoma de l’organisme que es pretén estudiar. De fet, en aquest estudi posem en relleu la necessitat de tenir un coneixement previ d’aquest paràmetre, no sols per a poder anticipar els costs derivats de la seqüenciació, però també perquè ens servirà per a optimitzar les anàlisis bioinformàtiques associades, i avaluar doncs el rendiment i la idoneïtat d’un determinat programa informàtic.

Figura 1. El fong Leucagaricus gongylophorus creix en una colònia de formigues talladores de fulles de l’espècie Atta colomica. Foto: Pepijn Kooij.

En aquest cas, hem analitzat i comparat l’assemblatge del genoma en un petit grup de fongs tropicals cultivats per formigues que pertanyen als gèneres Leucoagaricus i Cyphomyrmex per als quals hem estimat la mida del seu genoma utilitzant la citometria de flux. Hem comparat cinc programes d’assemblatge genòmic, i hem observat que la mida del genoma obtinguda en cada cas depèn directament del programa utilitzat i que, a més, impacta en la predicció del nombre de gens que preveu cada programa. Hem de tenir en compte que les anàlisis bioinformàtiques poden veure’s influenciades pel grau d’heterozigositat del genoma, la poliploïdia o el contingut d’ADN repetitiu. Curiosament, l’anàlisi de les dades publicades en aquest cas indica que la mida del genoma obtinguda a través de l’anàlisi de seqüències d’ADN és de 2,3 a 3 vegades més gran que quan utilitzem citometria de flux.

Figura 2. Correlació entre la mida de l’assemblatge i la predicció del nombre de gens basat en les anàlisis amb quatre programes bioinformàtics diferents.

En base a aquests resultats recomanem calibrar i refinar les anàlisis integrant dades de citometria de flux com a complement a les anàlisis bioinformàtiques, per a aconseguir una visió més acurada sobre el comportament de cada programa i establir prediccions sobre la mida del genoma amb una major robustesa.

 

Referència:

Kooij, P. W., Pellicer, J.. (2020) Genome size versus genome assemblies: are the genomes truly expanded in polyploid fungal symbionts? Genome Biology and Evolution. https://doi.org/10.1093/gbe/evaa217

Autor: Jaume Pellicer

Filtrar entrades

Butlletí de notícies

Esdeveniments

    «desembre 2020»
    DlDtDcDjDvDsDg
     
    1
     
    2
     
    3
     
    4
     
    5
     
    6
     
    7
     
    8
     
    9
     
    10
     
    11
     
    12
     
    13
     
    14
     
    15
     
    16
     
    17
     
    18
     
    19
     
    20
     
    21
     
    22
     
    23
     
    24
     
    25
     
    26
     
    27
     
    28
     
    29
     
    30
     
    31