Bases de datos

 
GSAD: GENOME SIZE IN ASTERACEAE DATABASE
  • Autores: Investigadores del Grupo de Investigación EtnoBioFic, integrado por expertos del Laboratorio de Botánica de la Facultad de Farmacia y Ciencias de la Alimentación de la UB (unidad asociada al CSIC), el Instituto Botánico de Barcelona (IBB-CSIC-ICUB) y la Universidad de París-Sur (CNRS-Francia).
  • Contenido: El GSAD es un catálogo exhaustivo de datos sobre el tamaño del genoma de la familia Asteraceae. Recoge información para 1.555 especies, basadas en 4.350 registros provenientes de 198 artículos publicados hasta julio de 2018. La última actualización (v.3) representa alrededor de un 40% de aumento de entradas respecto al anterior. Hay 337 nuevas especies (21,67%) y 46 nuevos géneros (19,83%). El principal objetivo de GSAD es dar acceso a la información sobre el tamaño del genoma de las Asteráceas a científicos interesados en la caracterización y evolución del genoma de estas especies, tanto desde un enfoque básico (sistemática molecular de plantas, programas de secuenciación NGS, biología evolutiva del desarrollo, etc.), como aplicado (DNA barcoding, cultivos, ayuda en la identificación de especies o materiales vegetales, etc.).
  • Referencias:
  • Garnatje, T., Canela, M. A., Garcia, S., Hidalgo, O., Pellicer, J., Sánchez-Jiménez, I., Siljak-Yakovlev, S., Vitales, D. & Vallès, J. 2011. GSAD: A genome size in the Asteraceae database. Cytometry Part A 79: 401–404. Digital.CSIC
  • Garcia, S., Leitch, I., Anadon-Rosell, A., Canela, M., Gálvez, F., Garnatje, T., Gras, A., Hidalgo, O., Jhonston, E., Mas de Xaxars, G., Pellicer, J., Siljak-Yakovlev, S., Vallès, J., Vitales, D. & Bennett, M. 2013. Recent updates and developments to plant genome size databases. Nucleic Acids Research 42(D1): D1159–D1166. Digital.CSIC
  • Vitales, D., Fernández, P., Garnatje, T. & Garcia, S. 2019. Progress in the study of genome size evolution in Asteraceae: analysis of the last update. Database 2019: baz098. Digital.CSIC
PLANT rDNA DATABASE
  • Autores: Investigadores del Instituto Botánico de Barcelona (IBB) y el Instituto de Biofísica de la Academia de Ciencias de la República Checa.
  • Contenido: La base de datos Plant rDNA es un recurso en línea que proporciona información sobre el número y la posición de las señales de ADN ribosómico, así como de sus estructuras en 2.148 especies de plantas (a partir de 3.783 registros). Los datos han sido extraídos de 785 publicaciones sobre citogenética molecular utilizando sobre todo la hibridación in situ fluorescente (FISH) de los genes del ARN ribosómico 5S y 18S – 5.8S – 26S. En los casos en que se ha encontrado, también se incluye información como el nivel de ploidía, el número de cromosomas, el tamaño del genoma y el ciclo vital. Adicionalmente, desde la tercera actualización también se incorpora información sobre la secuencia telomérica.
  • Referencias:
  • Garcia, S., Garnatje, T. & Kovařík, A. 2012. Plant rDNA database: ribosomal DNA loci information goes online. Chromosoma 121(4): 389–394. Digital.CSIC
  • Garcia, S., Galvez, F., Gras, A., Kova ik, A. & Garnatje, T. 2014. Plant rDNA database: update and new features. Database 2014: bau063. Digital.CSIC
  • Garcia, S., Kovařík, A., Leitch, A. & Garnatje, T. 2017. Cytogenetic features of rRNA genes across land plants: analysis of the Plant rDNA database. The Plant Journal 89(5): 1020–1030. Digital.CSIC
  • Vitales, D., D’Ambrosio, U., Gálvez, F., Kovařík, A. & Garcia, S. 2017. Third release of the plant rDNA database with updated content and information on telomere composition and sequenced plant genomes. Plant Systematics And Evolution 303(8): 1115–1121. Digital.CSIC
ANIMAL RDNA DATABASE
  • Autores: Investigadores del Instituto de Biofísica de la Academia de Ciencias de la República Checa y del Instituto Botánico de Barcelona (IBB).
  • Contenido: Los loci de ADN ribosómico que codifican los genes de ARN ribosómico (rDNA) son una parte importante de los genomas, variando tanto en número como en posición. Pueden ser característicos de una especie o de un género y se pueden utilizar con fines sistemáticos y comparativos.
  • Para facilitar el acceso a esta información, hemos creado la base de datos de ADN ribosómico de animales. El recurso incluye datos para 1.343 especies de animales distribuidas en 264 familias. Proporciona información sobre el número, la posición y la estructura de los loci de ADN ribosómico. Además, ofrece datos sobre el nivel de ploidía, el número de cromosomas o el tamaño del genoma, entre otros. Es paralela a la Plant rDNA database, que proporciona la misma información para plantas.
  • Referencias:
  • Sochorová, J., Garcia, S., Gálvez, F., Symonová, R. & Kovařík, A. 2017. Evolutionary trends in animal ribosomal DNA loci: introduction to a new online database. Chromosoma 127(1): 141–150. Digital.CSIC
B-CHROM DATABASE
  • Autores: Investigadores del Instituto Botánico de Barcelona (IBB) y del Instituto de Biofísica de la Academia de Ciencias de la República Checa.
  • Contenido: Los cromosomas B son constituyentes adicionales y no esenciales de los cariotipos. Sus características más significativas son que pueden estar presentes en algunos, pero no en todos, los individuos de la población y que no consiguen recombinarse con los cromosomas A durante la meiosis. Aprovechando los potentes motores de búsqueda online disponibles, hemos construido un nuevo recurso que abarca ampliamente información sobre cromosomas B en plantas, animales y hongos. Este catálogo completo y actualizado de especies que presentan cromosomas B contribuye al conocimiento de estos elementos del genoma, permitiendo el análisis de su distribución en el árbol de la vida y de su relación con el tamaño del genoma, el número de cromosomas y el nivel de ploidía, entre otros. Actualmente la base de datos incluye 5.755 entradas, provenientes de datos de 3.070 artículos y correspondientes a 2.828 especies.
  • Referencias:
  • D’Ambrosio, U., Alonso-Lifante, M., Barros, K., Kovařík, A., Mas de Xaxars, G. & Garcia, S. 2017. B-chrom: a database on B-chromosomes of plants, animals and fungi. New Phytologist 216(3): 635–642. Digital.CSIC
SEX-CHROM DATABASE
  • Autores: Investigadores del Instituto Botánico de Barcelona (IBB) y del Instituto de Biofísica de la Academia de Ciencias de la República Checa.
  • Contenido: La mayoría de plantas son hermafroditas y muy pocas especies tienen los sexos separados, ya sea en flores diferentes del mismo individuo (monoecia) o en flores diferentes en individuos diferentes (dioecia), entre otras opciones intermedias. Entre las especies dioicas, algunas tienen control medioambiental de la determinación del sexo, otras tienen un control genético, pero sin cromosomas sexuales diferenciados citológicamente, y una minoría tienen cromosomas sexuales. Por el contrario, la mayoría de animales tienen los sexos separados y cromosomas heteromorfos. Como los cromosomas sexuales en plantas son evolutivamente más recientes que los de los animales, el estudi de las plantas con cromosomas sexuales nos ayuda a entender la evolución de estos.
  • El recurso online Sex-Chrom es una base de datos sobre cromosomas sexuales de plantas que proporciona información fácilmente accesible. A parte de información general sobre los cromosomas sexuales como su morfología y tipo, la base de datos contiene información más específica sobre los elementos genéticos presentes en los cromosomas sexuales que contribuyen a la determinación del sexo y la evolución de este fenómeno. Los datos extraídos de 431 artículos publicados entre 1919 y 2020 incluyen 178 especies de 84 géneros y 65 familias.
  • Referencias:
  • Baránková, S., Pascual‐Díaz, J., Sultana, N., Alonso‐Lifante, M., Balant, M., Barros, K., D’Ambrosio, U., Malinská, H., Peska, V., Pérez, I., Kovařík, A., Vyskot, B., Janoušeket, B. & Garcia, S. 2020. Sex‐chrom, a database on plant sex chromosomes. New Phytologist. Disponible aquí